蛋白酶K是一種以絲氨酸為活性中心的枯草類蛋白酶，具有廣泛的底物特異性，特別優先分解與疏水性氨基酸、含硫氨基酸、芳香族氨基酸C末端鄰接的酯鍵和肽鍵。可在多種不同鹽、變性劑、去污劑、pH值和溫度條件下進行分解蛋白作用。在提取DNA和RNA的緩沖液中具有很高的活性，主要用于DNA、RNA制備過程中蛋白的消化。

　　一、分子結構

　　蛋白酶K由一條肽鏈組成，包含277個氨基酸殘基，相對分子質量為28930。活性部位由D39、H69和S224組成，底物識別位點主要為G100-Y104和S132-G136兩個片段。蛋白酶K的氨基酸序列與枯草芽孢桿菌蛋白酶具有高度同源性，因此被劃分為枯草芽孢桿菌蛋白酶類。蛋白酶K包含兩個二硫鍵（C34-C124，C179-C248），兩個色氨酸殘基（W8，W212）和一個游離半胱氨酸（C73）。X射線晶體學研究表明，蛋白酶K的三維結構為一個明確的球形折疊。蛋白酶K屬于α/β類蛋白質，包含6個α-螺旋，15個β-折疊和一個3/10螺旋。

　　二、熒光性

　　蛋白酶K在295nm處被激發，它的熒光性由兩個色氨酸殘基W8和W212決定。但是，兩個色氨酸的光反應活性表現不同，W212要活潑得多。在pH3～9范圍內，色氨酸熒光量子產率恒定。對已激發的色氨酸進行熱力滅活時，活化能需達到54kJ/mol。這個值大幅地高于來自微生物的其他蛋白酶，因此可用來解釋蛋白酶K較高的熱穩定性。

　　三、酶學性質

　　蛋白酶K具有很高的切割活性，底物識別位點能和底物組成一個3股的反平行β片層，可催化脂肪族氨基酸和芳香族氨基酸的羧基端肽鍵斷裂。α-螺旋是保持蛋白酶K活性中心構象穩定性的主要結構。α-螺旋共包含90個氨基酸殘基，占殘基總數的1/3，大部分殘基處在伸展的β-折疊結構中。這使得整個分子有序度低，變性熵不大，比變性焓值極低，反映了酶穩定性的本質。分子中兩個二硫鍵及兩個Ca2+也對三級結構的熱穩定性有貢獻。pH、溫度、Ca2+、激活劑和抑制劑等是影響蛋白酶K活力的主要因素。